但康熙皇帝亲政之初国库存银不多,尚不能进行全面治理,仅为保证运道而搞一点儿应急的小型项日;开支稍大的工程便不能进行。因此,虽然国家每年投入大约几十万两白银,收效仍然甚微,“河患之深,日甚一日”。
几年之后,国家财政状况逐渐好转,康熙皇帝在治河方面表现了一定的主动精神,颇有未雨绸缪之意。康熙十一年(1672)六月,康熙皇帝根据差往巡视决口的侍卫吴丹、学士郭廷祚所呈绘图和汇报,令工部会同河道总督、漕运总督共同商酌,“应否于遥堤之外,再筑遥堤”,“所需钱粮,逐一详确议奏”。次年十月,又批准工部议复河道总督王光裕奏疏,令于清口筑坝,“以遏浊流”;并于“水势平缓”的七里墩建闸,“挑浚新河”“使湖水自七里墩闸进口,即由新河文华寺入运”,以使“黄流可遏,运道无虞”。这年年底,爆发了吴三桂等人的叛乱。康熙必须集中一切人力、物力支持平叛战争,治河一事又无暇顾及。
至康熙十五年(1676),各处连发大水,黄河、淮河再次并涨,其灾情远远超过以往。古沟、翟家坝、高家堰清水潭等各大坝口冲决严重,淮河、扬州七州县已成泽国。河道敝坏已极,再不全面修治,不仅江南被淹、运道受阻,甚至河南、山东也将成为泽国。因此,尽管平叛战争正在进行,国家财政仍然比较困难,康熙皇帝还是下决心对黄河、淮河进行全面的治理。