但康熙皇帝亲政之初国库存银不多，尚不能进行全面治理，仅为保证运道而搞一点儿应急的小型项日；开支稍大的工程便不能进行。因此，虽然国家每年投入大约几十万两白银，收效仍然甚微，“河患之深，日甚一日”。
几年之后，国家财政状况逐渐好转，康熙皇帝在治河方面表现了一定的主动精神，颇有未雨绸缪之意。康熙十一年(1672)六月，康熙皇帝根据差往巡视决口的侍卫吴丹、学士郭廷祚所呈绘图和汇报，令工部会同河道总督、漕运总督共同商酌，“应否于遥堤之外，再筑遥堤”,“所需钱粮，逐一详确议奏”。次年十月，又批准工部议复河道总督王光裕奏疏，令于清口筑坝，“以遏浊流”;并于“水势平缓”的七里墩建闸，“挑浚新河”“使湖水自七里墩闸进口，即由新河文华寺入运”,以使“黄流可遏，运道无虞”。这年年底，爆发了吴三桂等人的叛乱。康熙必须集中一切人力、物力支持平叛战争，治河一事又无暇顾及。
至康熙十五年(1676),各处连发大水，黄河、淮河再次并涨，其灾情远远超过以往。古沟、翟家坝、高家堰清水潭等各大坝口冲决严重，淮河、扬州七州县已成泽国。河道敝坏已极，再不全面修治，不仅江南被淹、运道受阻，甚至河南、山东也将成为泽国。因此，尽管平叛战争正在进行，国家财政仍然比较困难，康熙皇帝还是下决心对黄河、淮河进行全面的治理。
